Otizmli bireylerde bazı yetersizliklerin yanı sıra, istenmeyen bazı davranışlar da gözlenmektedir. Bu davranışlar problem davranışlar olarak kabul edilmektedir. Bu problemler otizmli bireyin yeni beceriler öğrenmesini, var olan becerilerini kullanmasını, çevresi ile sosyal etkileşimini ve toplumsal uyumunu olumsuz yönde etkileyen davranışlardır. Otizmli bireylerde özellikle davranışsal ve duyusal problemler yaygın olarak görülmektedir. Bu bireylerde kendine zarar verici davranışlar, öfke nöbetleri ve tekrarlayan davranışlar yoğun olarak görülen problem davranışlardan bazılarıdır. Bu problemler otizmli bireylerin ve ailesinin hayatını zorlaştırmakta, bireyin yeni beceriler öğrenmesini ve çevresi ile etkileşime girmesini engellemektedir.

     Ayrıca, otizmli bireylerde beslenme ve uyku sorunlarının çok yaygın olduğu bilinmektedir. Bunlar uykuya dalmakta zorlanma, sık sık geceleri uyanma ve sabahları erken kalkma gibi sorunlarla karşı karşıya kalabilmektedirler. Beslenme konusunda da çok seçici davrandıkları bilinmektedir.

      Problem davranışların altında yatan temel nedenlerin sosyal ve iletişim içerikli olduğu vurgulanmaktadır. Bu davranışların genellikle dikkat çekme, istenmeyen ortamdan ya da durumdan kaçma ve istenileni elde etme amacı ile ortaya çıktığı belirtilmiştir. Bu görüş doğrultusunda, otizmli bireylerde görülen problem davranışların, çevreyle iletişim eksikliği ve yetersizliğine bağlı olarak ortaya çıktığı düşünülmektedir. Otizmli bireylerin aile üyelerine ve diğer insanlara karşı ilgisiz davranması, yaşantılarındaki anne, baba, kardeş, öğretmen gibi önemli kişileri tanımaması ve ayrılık kaygısı göstermemesi, okul gibi sosyal ortamlarda yaşıtları ile oynamaması, arkadaşlık kurmada güçlük çekmesi gibi davranışlar da problem davranışlar olarak değerlendirilmektedir. Çevresinde olup bitenlerin farkında olmayan ve kendini ifade edemeyen otizmli bireylerde de bazı özel korkular görülmektedir. Genelde zihinlerinde yaşadıkları ortamın bir haritasını gezdirdikleri için yapılan her küçük değişiklik bireyin daha fazla stres yaşamasına ve gereksiz korkulara kapılmasına sebep olmaktadır. Yeni durumlara uyumları zor olduğu için otizmli bireyde kalıplaşmış oyun becerisi gözlenmekte ya da rutinlerini sürdürmede ısrar etme ve değişikliğe karşı tepki gösterme davranışları sergilemektedirler. Alışılmışın dışında farklı uyaranlarla karşılaştıklarında beklenmedik tepkiler verebilmektedirler. Örneğin, bazen seslerden ürküp nesnelerden korkmakta bazen de korkularını her şeye genelleyebilmekteler. Örneğin, sudan korkma, ayakkabı ayağını sıktığı için ayakkabı giymeyi reddetme vb. Bu da onların sinirli ve kaygılı olmalarına neden olmaktadır.

     Otizmli bireyler bazen uygunsuz gülme, ağlama, öfke ve sevinç nöbetleri, ya da kendini ısırma, başını duvara vurma gibi davranışlar da sergilemektedirler. Otizmli bireyler istediklerini ifade edemedikleri için, kendini anlatamamanın verdiği zorlukla çoğunlukla öfke nöbeti geçirirler. Nöbet, onların bir isteğinin yapılmaması ya da ortamda istemedikleri bir durumun oluşmasıyla açığa çıkabilir. Bazen periyodik olarak her gün aynı saatte nöbet geçirebilirler ve ne yapılırsa yapılsın sakinleşmesi zor olmaktadır. Öfke nöbetleri birkaç saniye ya da birkaç dakika sürebildiği gibi, bazen bir saat kadar uzun da sürebilir. Otizmliler büyüdüklerinde öfke nöbetlerinin kontrol edilmesi daha güç olabilir. Onların fiziksel gücündeki artış onlara destek sunan veya eğitimleri ile ilgilenen kişiler için tehlike yaratabilir. Otizmli öfke nöbetine girdiğinde onun yanına yaklaşmak, onunla iletişim kurmaya çalışmak zor olabilir.

       Otizmli bireylerde dışa dönük saldırganlık genellikle aile yakınlarına ve kardeşlere vurma, saç çekme ve ısırma şeklinde ortaya çıkmaktadır. Genellikle bu saldırgan davranışların belli bir nedeni vardır. Nadiren saldırganlığın boyutları tehlikeli bir hal alabilir. Bunların bir kısmı otizmli bireylerde görülen tekrarlayıcı hareketlerle karışır. Bir kısmı ise, yakınlaşma ve ilgilenmenin bozuk ifadeleri olarak gelişebilir.

       Genellikle otizmli bireylerin olumsuz yönleri üzerinde durulduğunu görmekteyiz ancak otizmli bireylerin olumlu yönleri de oldukça fazladır. Bunlar yalan söylememeleri, insanları aldatmaya dönük davranışlarda bulunmamaları, suç sayılabilecek hiçbir davranışı bilerek ya da kasıtlı, amaçlı sergilememeleri, kin ve nefret duygularını taşımamaları, bir görev ve sorumluluk durumunda kaytarma davranışları göstermemeleri gibi birçok olumlu davranış sıralanabilir.